На территории района располагаются 3 международных порта: порт Темрюк на Азовском море, порт Кавказ в Керченском проливе и порт Тамань на Черном море. До августа 2011 года основной объем грузов переваливался через порт Темрюк – до 70 тыс. тонн в месяц. На экспорт отправлялись такие зерновые культуры, как пшеница, кукуруза и рис-сырец. Помимо этого, через порт Кавказ отгружался подсолнечный шрот в количестве до 25 тыс. тонн в месяц.

С 1 августа 2011 года в порту Кавказ введен в эксплуатацию элеватор на 50 тыс. тонн. В связи с этим вырос объем экспорта, и изменилась его структура – увеличилась доля пшеницы. Всего за 11 месяцев 2012 года отгружено более 373 тыс. тонн зерна и продуктов его переработки (98 судов).

Также в августе 2011 года введен в эксплуатацию элеватор в порту Тамань, объемом 80 тыс. тонн. Порт Тамань – глубоководный, позволяющий загружать суда вместимостью до 60 тыс. тонн, скорость погрузки до 1600 тонн в час. Организация работ и оборудование зернового терминала порта позволяют принимать до 12000 тонн зерна в сутки.

За 11 месяцев 2012 года через порт Тамань отгружено почти 1,5 млн. тонн грузов (48 судов). Основную часть составляет продовольственная пшеница и кукуруза. В 2013 году планируется ввод в эксплуатацию причала под подсолнечный шрот. На данный момент увеличение объемов экспорта в порту Тамань сдерживается отсутствием железной дороги.

Введение в эксплуатацию нового глубоководного порта отразилось на объемах и структуре грузов в порту Темрюк. Объемы снизились, на экспорт отгружается рис-сырец, рисовая мучка, шроты, жмыхи, барда, кукуруза, горох. За 11 месяцев 2012 года отгружено 354 тыс. тонн (128 судов).

В настоящее время недалеко от порта Тамань начато строительство нового грузового района. Будет построено 7 причалов, один из которых - зерновой. В долгосрочной перспективе порты Темрюкского района должны встать в один ряд с крупнейшими морскими портами России.