Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Санкт-Петербургу и Ленинградской области создано 21 февраля 2005 года, действует на основании Положения и является территориальным органом Россельхознадзора. Управление приступило к исполнению своих функций в полном объёме с 1 июня 2005 года.