Целями и задачами взаимодействия являются:

- согласование совместных мер по охране территории Российской Федерации от завоза и заноса через Государственную границу Российской Федерации карантинных вредителей, болезней растений и сорняков;

- согласование совместных мер по предупреждению и не допущению ввоза на территорию Российской Федерации растений, продукции растительного происхождения с территории эпифитотий (вспышек численности карантинных вредных организмов).

В случае возникновения на территории сопредельного государства эпифитотий, специалисты Управления по информации, полученной от Пограничного управления, будут прибывать в пункт пропуска для изучения товаросопроводительных документов и принятия мер по недопущению ввоза карантинных вредных организмов на территории Российской Федерации