Амброзия трехраздельная является крайне вредоносносным сорняком. Своей мощной корневой системой она сильно иссушает почву, снижает плодородие. Сорняк лишает культурные растения не только влаги, но и питательных веществ, подавляет их рост. При распространении наносит огромный ущерб сельскому хозяйству. Кроме того, амброзия представляет угрозу и для здоровья человека. Во время цветения, с августа и до наступления заморозков, амброзия выделяет огромное количество пыльцы, которая, попадая в организм человека, вызывает аллергию, амброзийный поллиноз, переходящую в хронические заболевания.
16 мая 2014 года должностным лицом Управления Россельхознадзора по Оренбургской области при проведении карантинного фитосанитарного досмотра подсолнечника продовольственного, поступившего автомобильным транспортом из Самарской области в адрес Открытого акционерного общества (ОАО) «Оренбургский маслоэкстракционный завод», обнаружен карантинный сорняк - амброзия трехраздельная (Ambrosia trifida L.). Результаты лабораторных исследований показали, что заражению подверглось 208,1 тонна подсолнечника.
В соответствии с правилами и нормами обеспечении карантина растений засоренная партия продовольственного подсолнечника (10 автомашин) была направлена на перерабатывающее предприятие (ОАО «ОМЭЗ») использующее технологию, обеспечивающую лишение семян карантинных сорняков жизнеспособности
