Контроль и надзор в области ветеринарии, карантина и защиты растений, семеноводства, качества и безопасности зерна, обеспечение плодородия почв и земельных отношений в части земель сельскохозяйственного назначения, а также защита населения от болезней животных.
Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Ставропольскому краю является территориальным органом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор), осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, использования пестицидов и агрохимикатов, обеспечения плодородия почв, семеноводства сельскохозяйственных растений, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, земельных отношений (в части касающихся земель сельскохозяйственного назначения), лесных отношений (за исключением лесов, расположенных на землях особо охраняемых природных территорий), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных на территории Ставропольского края.

Управление в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, Положением о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору, приказами и указаниями Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору.

Управление осуществляет возложенные на него полномочия непосредственно и во взаимодействии с другими территориальными органами Россельхознадзора, полномочным представителем Президента Российской Федерации в Южном федеральном округе, территориальными органами других федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной власти Ставропольского края, органами местного самоуправления, общественными объединениями, организациями и гражданами.