В соответствии с указом Президента РФ от 9 марта 2004 года № 314 в целях формирования эффективной системы и структуры федеральных органов исполнительной власти, в соответствии со ст. 112 Конституции РФ и Федеральным конституционным законом от 17 декабря 1997 года № 2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» была образована Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору, приняв на себя функции по контролю и надзору Министерства сельского хозяйства РФ.
Управление Россельхознадзора по Саратовской области создано приказом от 24 января 2005 года № 4 «О создании территориальных органов Россельхознадзора» Руководителя Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору РФ С.А.Данкверта для осуществления надзорных функций.
Структура Управления Россельхознадзора по Саратовской области состоит из отделов, внутри которых образованы межрайонные пункты, позволяющие осуществлять надзорные функции по всей территории области, государственной границе с Республикой Казахстан, международном аэропорту города Саратова.
