Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору находится в ведении Министерства сельского хозяйства Российской Федерации. Управление Россельхознадзора по Самарской области, являясь территориальным органом Федеральной службы, осуществляет возложенные на него полномочия непосредственно и во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти в регионе, органами исполнительной власти Самарской области, органами местного самоуправления, общественными организациями и гражданами.