Управление осуществляет на территории РСО-Алания функции государственного контроля и надзора в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, качества и безопасности зерна и продуктов его переработки, земельных отношений и семеноводства сельскохозяйственных растений. В своей деятельности, Управление руководствуется Конституцией РФ, федеральными конституционными законами, федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ, Правительства РФ, органов исполнительной власти РСО-Алания.
Для более эффективного выполнения задач, возложенных на Управление, были заключены соглашения о взаимодействии с ПУ ФСБ РФ по РСО-Алания, Северо-Осетинской таможней, Управлением ветеринарии РСО-Алания, МВД по РСО-Алания, ГУ МЧС РФ по РСО-Алания, территориальными управлениями других контрольно-надзорных органов. Работа Управления осуществляется в тесном сотрудничестве с референтным органом, подведомственным Россельхознадзору (ФГУ «Краснодарская межобластная ветеринарная лаборатория»).
Управление реализует свои полномочия во взаимодействии с органами государственной власти РСО-Алания и органами местного самоуправления республики. Итоги работы Управления регулярно освещаются в СМИ РСО-Алания.
Основные усилия Управления направлены на предупреждение, выявление и пресечение фактов незаконного ввоза и оборота на территории РФ и РСО-Алания продукции животного, животноводческого и растительного происхождения, зерна и продуктов его переработки. При этом, главной задачей Управления является: защита населения РФ и РСО-Алания от проникновения вредителей и возбудителей болезней растений и животных и обеспечение употребления населением только качественной продукции.
С целью реализации прав физических, юридических лиц и индивидуальных предпринимателей на защиту их законных интересов в Управлении создана специальная комиссия для рассмотрения жалоб. В средствах массовой информации опубликованы телефонные номера «горячей линии», которыми могут воспользоваться все вышеуказанные субъекты права для сообщения о фактах нарушений их законных прав и интересов, допущенных сотрудниками Управления.