Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Мурманской области является территориальным органом Россельхознадзора, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, обращения лекарственных средств для ветеринарного применения, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами при осуществлении государственного ветеринарного надзора, обеспечения плодородия почв, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, семеноводства сельскохозяйственных растений, земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных, а также функции по реализации отдельных установленных законодательством и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации задач и функций Россельхознадзора. Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Мурманской области осуществляет полномочия в закрепленной сфере деятельности на территории Мурманской области.
Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Мурманской области руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами Минсельхоза России, Положением о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 30.06.2004 № 327, приказами Россельхознадзора, Типовым положением о территориальном органе Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору, утвержденным приказом Минсельхоза России от 04.10.2012 № 527, и Положением об Управлении Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Мурманской области, утвержденным приказом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору 15.04.2013 № 186.
Управление Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Мурманской области осуществляет возложенные на него полномочия непосредственно и во взаимодействии с другими территориальными управлениями Россельхознадзора, полномочным представителем Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе, территориальными органами других федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительской власти Мурманской области, органами местного самоуправления, общественными объединениями, организациями и гражданами.