Основная цель деятельности Учреждения - реализация государственной политики в области ветеринарии и обеспечения безопасности в ветеринарно – санитарном отношении кормов и продукции животного и растительного происхождения в целях охраны здоровья животных и населения от болезней общих для человека и животных, а так же в области карантина и защиты растений, семеноводства и селекционных достижений, агрохимии, плодородия почв качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна, охраны, воспроизводства, использования объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, водных биологических ресурсов и среды их обитания.

Учреждение осуществляет свою деятельность на территории Алтайского края и республики Алтай.

Одна из основных задач Учреждения – обеспечение деятельности Управления Россельхознадзора по Алтайскому краю и Республике Алтай. Кроме того, Учреждение осуществляет деятельность по лабораторным исследованиям и методическому обеспечению ветеринарных лабораторий в субъектах Российской Федерации.